Die qualifizierte Mehrheit wird zur allgemeinen Regel für die Annahme fast aller Beschlüsse innerhalb des Ministerrates. Die Einstimmigkeit aber bleibt weiterhin die Regel für die Besteuerung und teilweise in den Bereichen der gemeinsamen Außen- und Sicherheitspolitik und der Sozialpolitik. Ferner ist vorgesehen, dass die Regel der Einstimmigkeit auf das System der Eigenmittel und den mehrjährigen Finanzrahmen angewendet wird.

a) Das neue System der qualifizierten Mehrheit

Die Formel der qualifizierten Mehrheit (Artikel I-25) stützt sich auf den Grundsatz der zweifachen Mehrheit. Die qualifizierte Mehrheit gilt als erreicht, wenn ein Beschluss von mindestens 55 % sowie 15 Mitgliedstaaten unterstützt wird, und mindestens 65 % der Bevölkerung der Union vertritt. Bei 25 Mitgliedstaaten entsprechen 15 Staaten 60 % der Mitglieder insgesamt. Treten neue Mitgliedstaaten bei, verliert diese Bestimmung an Bedeutung, denn bei 26 Mitgliedstaaten entspricht ein Anteil von 55 % mathematisch mindestens 15 Mitgliedstaaten.

Dieses System wird ab dem 1. November 2009 Anwendung finden, wenn die neue Kommission nach den Wahlen für das Europäische Parlament im Jahr 2009 eingesetzt wird. Von 2004 bis 2009 gilt das derzeitige System, das im Vertrag von Nizza festgelegt ist. Der Verfassungsvertrag übernimmt diese Bestimmungen im Protokoll der Übergangsbestimmungen für die Organe und Einrichtungen der Union.

b) Die Sonderklauseln

  Die Akte ohne Vorschlag der Kommission

Eine Mehrheit von mindestens 72 % der Mitgliedstaaten, sofern diese mindestens 65 % der Bevölkerung der Union vertreten, gilt als qualifizierte Mehrheit wenn der Europäische Rat oder der Ministerrat ohne Vorschlag der Kommission oder des noch zu bestimmenden europäischen Außenministers beschließt.

  Die Sperrminorität

Für eine Sperrminorität sind mindestens vier Mitgliedstaaten und 35% der Bevölkerung der Europäischen Union erforderlich, ansonsten gilt der Beschluß auf jeden Fall als angenommen. Die Auswirkung dieser Klausel lässt sich verstehen, wenn man das demographische Gewicht der verschiedenen Mitgliedstaaten berücksichtigt. Ohne diese Klausel könnten drei der vier bevölkerungsreichsten Mitgliedstaaten (Deutschland, Frankreich, Italien und Vereinigtes Königreich) eine Sperrminorität bilden, da ihr demographisches Gewicht mehr als 35 % der Unionsbevölkerung ausmacht.

  Die besondere Übergangsklausel bei knapper Mehrheit

Eine Sonderklausel gilt, wenn eine qualifizierte Mehrheit nur knapp zustande kommt. Der Verfassungsvertrag greift hier auf den „Kompromiss von Ioannina“ zurück, eine 1994 angenommene Formel. Der Beschluss, der eine Art neuer, überarbeiteter Kompromiss von Ioannina enthält, sieht folgendes vor : wenn Mitglieder des Rates, die drei Viertel der Anzahl der Mitgliedstaaten oder des Bevölkerungsanteils vertreten, die für die Bildung einer Sperrminorität erforderlich sind, erklären, dass sie die Annahme eines Rechtakts durch den Rat mit qualifizierter Mehrheit ablehnen, wird die Frage vom Rat erörtert, um innerhalb einer angemessenen Frist zu einer weitreichenden Einigung zu gelangen.

Diese Übergangsklausel bleibt bis mindestens 2014 wirksam. Danach kann der Rat einen europäischen Beschluss (d.h. mit qualifizierter Mehrheit) zu seiner Aufhebung erlassen.

c) Die Ausweitung der Abstimmung mit qualifizierter Mehrheit

Die Abstimmung mit qualifizierter Mehrheit wird auf rund zwanzig Bestimmungen ausgeweitet (Artikel : I-24, I-37, III-141, III-179, III-184, III-187, III-223, III-236, III-263, III-265, III-266, III-267, III-272, III-273, III-275, III-276, III-280 und III-300).

In drei spezifischen Fällen (Artikel III-136, III-270 und III-271) sieht der Verfassungsvertrag die qualifizierte Mehrheit vor, schließt jedoch eine Sonderklausel ein, die sogenannte Notbremse. Diese betrifft die Bereiche Freizügigkeit der Arbeitnehmer sowie zwei Bereiche im Zusammenhang mit dem Raum der Freiheit, der Sicherheit und des Rechts.

Die betreffende Klausel gibt einem Mitgliedstaat, der die Grundlagen seines Sozialschutzsystems oder seines Rechtssystems bedroht sieht, die Möglichkeit, den Europäischen Rat anzurufen. In diesem Fall wird das Legislativverfahren angehalten. Der Europäische Rat muss den Vorschlag erörtern und innerhalb von drei Monaten :

   den Entwurf an den Rat zurückverweisen, welcher das Verfahren unter Berücksichtigung der Diskussionen im Europäischen Rat weiterführt

oder

   die Kommission (oder im Bereich Justiz und Inneres, die Mitgliedstaaten, die den Vorschlag initiiert haben) auffordern, einen neuen Vorschlag vorzulegen

Im Bereich Justiz und Inneres sieht der Verfassungsvertrag für den Fall, dass der geänderte Entwurf über eine bestimmte Zeit blockiert bleibt, die Möglichkeit einer verstärkten Zusammenarbeit vor. Diese kann unter Einbeziehung von mindestens einem Drittel der Mitgliedstaaten eingeführt werden.